เนื้อหาต่อไปนี้เป็นผลพลอยได้จากการศึกษาอย่างลึกซึ้งเกี่ยวกับข้อเท็จจริงทางประวัติศาสตร์และการค้นพบต่างๆ ที่ค่อยๆ หล่อหลอมสิ่งที่เราเรียกว่าอะตอมในปัจจุบัน
ในช่วงต้นศตวรรษที่ 19 นักเคมีชาวอังกฤษชื่อจอห์น ดาลตัน ในยุคที่ยังไม่มีตารางธาตุหรือสัญลักษณ์แทนธาตุเคมี ได้คิดค้นระบบการแสดงภาพของตัวเองขึ้นมา โดยพื้นฐานแล้ว เขาทำรายการธาตุที่รู้จักในตอนนั้น —ทอง เงิน คาร์บอน ออกซิเจน...— แล้ววาดวงกลมข้างแต่ละธาตุพร้อมลวดลายที่แตกต่างกันภายในเพื่อแยกแยะแต่ละธาตุออกจากกัน
ดาลตันมองว่าอะตอมเป็นทรงกลมขนาดเล็ก แข็ง และแบ่งแยกไม่ได้ ซึ่งเขามักเรียกมันว่า "อนุภาคขั้นสุดท้าย" ราวกับเป็นขีดจำกัดของสสารที่ไม่อาจแบ่งแยกต่อไปได้อีก ผลงานของเขาสามารถเชื่อมโยงแนวคิดนามธรรมเรื่องอะตอมเข้ากับการทดลองทางเคมีได้อย่างเด็ดขาด จึงทำให้เขาได้รับการยกย่องในประวัติศาสตร์ว่าเป็นบิดาแห่งทฤษฎีอะตอม
เกือบหนึ่งศตวรรษต่อมา นักวิทยาศาสตร์ชาวอังกฤษอีกคนชื่อโจเซฟ จอห์น ทอมสัน พยายามอธิบายธรรมชาติของรังสีแคโทด โดยเสนอว่ารังสีเหล่านี้ประกอบขึ้นจากอนุภาคเล็กๆ ที่พาประจุไฟฟ้า เพื่ออธิบายว่าอนุภาคเหล่านี้มาจากไหน เขาเสนอว่ามันอาศัยอยู่ภายในอะตอม คล้ายกับลูกเกดในขนมพุดดิ้ง และถึงกับสร้างทฤษฎีอะตอมขึ้นจากพุดดิ้งลูกเกดนั้น
แบบจำลองอะตอมของทอมสัน
ควรกล่าวไว้ว่าทอมสันไม่เคยแสดงอนุภาคเหล่านั้นให้โลกเห็นแม้แต่ชิ้นเดียว เขาเพียงอนุมานมันจากผลการทดลอง เขาไม่ได้ เห็น มันจริงๆ ถึงกระนั้นแนวคิดนี้ก็ได้รับรางวัลโนเบลในปี 1906 และถูกจารึกไว้ราวกับเป็น ข้อเท็จจริง นับจากนั้น อะตอมก็เลิกเป็นเพียงสมมติฐานที่ต่ำต้อยและกลายเป็นสิ่งที่ไม่มีใครกล้าตั้งคำถาม เหตุการณ์เหล่านี้เปลี่ยนกฎของเกมสำหรับนักวิทยาศาสตร์ในยุคนั้นไปโดยสิ้นเชิง ทำให้อะตอมและทฤษฎีของมันกลายเป็นบันไดสู่ความสำเร็จที่มั่นคง
หลายปีต่อมา นักวิทยาศาสตร์ชาวนิวซีแลนด์ชื่อเออร์เนสต์ รัทเทอร์ฟอร์ด ก็เชื่อมโยงงานวิจัยเรื่องกัมมันตภาพรังสีของเขาเข้ากับอะตอมเช่นกัน และเสนอว่าอะตอมไม่ได้อยู่นิ่งเหมือนพุดดิ้งของทอมสัน แต่คล้ายกับระบบสุริยะจำลองขนาดจิ๋วมากกว่า เขายังเพิ่มชิ้นส่วนใหม่เข้าไปด้วย นั่นคือนิวเคลียสขนาดเล็กจิ๋วที่รวมมวลเกือบทั้งหมดไว้ และสร้างทฤษฎีอะตอมใหม่ขึ้นบนพื้นฐานนั้น
แบบจำลองอะตอมของรัทเทอร์ฟอร์ด
แบบจำลองอะตอมแบบดาวเคราะห์ใหม่นี้เป็นเหมือนนิวเคลียสขนาดเล็กมากที่มีประจุบวก ซึ่งมีอนุภาคที่มีประจุลบ (อิเล็กตรอน) โคจรอยู่รอบๆ ก่อตัวเป็นระบบวงโคจรชนิดหนึ่ง ส่วนชิ้นที่สาม คือนิวตรอน ยังไม่ปรากฏในตอนนั้น มันจะไม่ถูกค้นพบจนกระทั่งปี 1932 จากงานวิจัยเรื่องสารกัมมันตรังสี รัทเทอร์ฟอร์ดได้รับรางวัลโนเบลในปี 1908
เกือบจะพร้อมกับความสำเร็จของรัทเทอร์ฟอร์ด ชายหนุ่มชาวเดนมาร์กชื่อนีลส์ บอร์ พยายามแก้ไขข้อผิดพลาดในแบบจำลองอะตอมแบบดาวเคราะห์ โดยเพิ่มระดับวงโคจร ระดับพลังงาน การกระโดดระหว่างวงโคจร และแม้แต่การปล่อยและดูดกลืนแสง ซึ่งเขาสันนิษฐานว่าเป็นคลื่นแม่เหล็กไฟฟ้า ด้วยผลงานของเขา บอร์นำสิ่งที่เคยเป็นเพียงแผนที่เชิงทฤษฎีสำหรับอธิบายปรากฏการณ์บางอย่าง มาเปลี่ยนให้กลายเป็นสิ่งที่ต้องใช้กระดานเต็มแผ่นในการอธิบาย จากผลงานที่เขามีต่อโครงสร้างของอะตอม นีลส์ บอร์ได้รับรางวัลโนเบลในปี 1922
แบบจำลองอะตอมของบอร์
สิ่งที่ตามมาหลังบอร์คือรายชื่อของอัจฉริยะที่แทบไม่มีที่สิ้นสุด ทุกคนต่างเพิ่มทฤษฎีที่แปลกประหลาดยิ่งขึ้นเรื่อยๆ เกี่ยวกับอะตอม —ที่ไม่เคยมีใครเห็นมาก่อน— และขยายกลไกทางคณิตศาสตร์ของพวกเขาไปสู่ระดับดาราศาสตร์ พูดตรงๆ หลังจากอ่านเรื่องนี้มาหลายชั่วโมง การมองแบบจำลองอะตอมแต่ละแบบก็เหมือนการมองเลื่อนของซานตาคลอส สิ่งที่ถูกโฆษณาอย่างเกินจริงแต่ไม่มีใครเคยเห็นจริงๆ